ヴェルニーは、1837年12月2日にフランスの中央山岳地帯に属するアルデシュ県オブナに生まれた。
リヨンの国立高等中学校に学び、1856年パリのエコール・ポリテクニク（理工科大学）に入学した。
1858年海軍造船大学校に進み、造船技師の道を志した。
25才の時二等造船技師資格を得て、フランス海軍の技術者として中国の寧波（ニンポー）で造船業務に従事した。

時に、開国して間もない江戸幕府と駐日フランス公使レオン・ロッシュとの間で、世界に伍するには、日本の海軍力・海運能力整備が急務という国際政策上の要請から、ジョレス・フランス海軍提督の推薦で来日を決意した。

ヴェルニー直筆のサイン

在日十数年の間に、仕事上、帰国することもあったが、途中、上海総領事の娘マリー・ブルニエ・ド・モンモランと結婚し、日本で三人の子供に恵まれ、帰国後の二人と合わせて、五人の子宝に恵まれた。
1876年（明治9年）春3月13日、離日後、本国ブレストの海軍関係業務に半年従事し、リヨンへ転出した。
1908年5月2日、オブナで死去。享年71才。生家は今もそのまま残る。